了解发酵过程中产生泡沫的原因及其消长规律，可有效地控制泡沫，泡沫的控制可以采用两种途径：

(1)调整培养基中的成分，如少加或缓加易起泡的原材料；改变某些参数，如pH、温度、通气和搅拌；或者改变发酵工艺，如采用分次投料来控制，以减少泡沫形成的机会，但这些方法的效果有限。

(2)采用机械消泡或消泡剂消泡这两类方法来消除已形成的泡沫，这是公认的比较好的方法。

(3)近年来，从微生物本身的特性着手，防止泡沫的形成，如单细胞蛋白生产中，筛选生长期不产生泡沫的微生物突变株，来消除起泡的内在因素。