机械消泡是通过机械力所引起的强烈震动或者压力的不断变化,促使泡沫破裂,以达到消泡的目的。理想的生物反应器应该具有优化的系统,在完成气体及微生物分散的同时,尽量的减少能耗以及对发酵过程的影响,而机械消泡装置设计的出发点就是通过增加一些简单的设备,消耗很少的能量,来完成消泡的目的。

机械消泡不需要或者少量再向生物反应器中加入化学消泡剂,这样就可以节省原材料,减少染菌的机会,并且降低了培养液的复杂性,这有利于后期有效物质的处理和提取。机械消泡装置可以重复使用,使用过程中耗能也比较少,像耙式消泡桨,只是将消泡桨装在搅拌轴上,不需要引进新的动力装置。