消泡剂在使用过程中，最好是在发酵进行的前期随着底料一次性地加入到发酵罐中，并且能在整个发酵过程中拄铜泡沫生成或消除泡沫，这样有利于防止发酵过程染菌，但是实际情况往往不是这样，消泡剂会在使用过程失去活性，从而失去控制或消泡的能力，这就需要在使用消泡剂的时候采用多次少量地加入的方法，这样势必会增加染菌的机会。过多地使用消泡测也会使pH值降低，使发酵液溶氧能力大幅度下降，这对于好氧型发酵极为不利。

近些年，随着石油价格的上涨，合成消泡剂成本也有上涨的趋势。由于这些不利因素的存在，消泡剂的使用在许多场含得到了限制。因此，在使用消泡剂之前，需要作比较实验，找到合适的消泡剂，以最少的用量和最低的影响来完成控制泡沫的目的。